甲醛脱氢酶（FDH）的催化活性受温度显著影响。在0-25℃范围内，温度每升高10℃，酶活性增加约1.8-2.2倍（Q₁₀效应）。25-40℃范围内酶活性达到峰值，其中FDH的最适反应温度约37℃，比活性（Specific activity）为2.8U/mg蛋白。温度超过45℃时酶开始变性失活，55℃处理10分钟后酶活残留率仅35%，65℃下5分钟完全失活。Arrhenius活化能Ea约38.2kJ/mol（温度范围15-37℃），低于大多数化学催化反应（60-120kJ/mol）。酶的半失活温度（T₁/₂, 50%活性丧失）约52℃，储存温度建议4℃（液态）或-20℃（冻干粉）。温度低于10℃时酶活性降至峰值的20%以下。
